1、育苗

　　采用盘式或床式育苗时，可将生物菌肥拌入育苗土中堆置，再装入育苗盘。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，可适当调整用量。

　　2、基肥(底肥)

　　生物菌肥用做基肥时，可与肥料混拌使用，随拌随用，避免长时间放置，可提高化肥利用率，减少化肥使用量。

　　生物菌肥也可做种肥，口肥使用。

　　3、拌种

　　选择表面无伤口的种子，将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥后，在阴凉通风处阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下曝晒，也不要放置时间过长。

　　4、蘸根

　　将微生物菌剂兑适量水搅拌均匀，移栽时，将作物的根部在菌剂中蘸一蘸，根部粘满生物菌剂后，再移栽，移栽完之后，可将菌剂加水稀释后的液体浇灌在作物根部。

　　5、沟施

　　沟施一般为果树常见的施肥方式之一，常见的施肥方式有：在相邻的两行果树中间挖一条沟，也可在作物根系周围挖沟，将肥料施入沟中，这种施肥方法持效期久、利用率高。

　　6、喷施

　　是一种用于追肥的施用方法。将生物菌肥或菌剂兑水后进行喷施，喷施在作物叶面和果实上。整个生育期中，可根据作物实际生长情况喷施生物菌肥。