首先，作为土壤的活跃组成分, 土壤微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的物质等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动对土壤的形成和发育有密切关系。

　　另外，土壤微生物还有固氮作用以及溶解土壤中难溶性物质的作用，化肥施进土壤中，作物只能吸收一部分，其余的在土壤中残留，部分菌种可固氮溶磷解钾，补充作物营养元素，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。有了这样的土壤微生物，就相当于土壤有了自己的营养元素生产车间了。

　　其次，在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，提供作物所需营养元素来促进植物的生长。土壤微生物与植物根部营养有密切关系。

　　然后，土壤中各种微生物之间有互惠互利的，也有相互敌对的。例如，土壤中存在一些抗生性微生物，他们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中的病原微生物对作物的危害，所以，土壤中的微生物其实也有不利的一面，比如病原微生物。

　　最后，微生物菌还可以降解土壤中残留的农药残留等，把他们分解成低害甚至无害的物质，降低残毒危害。当然，这些所有的功能都是由不同种群的微生物完成的，每一个功能的实现也需要有大量的微生物共同工作才行。所以微生物菌肥要多施用一些。